Chegamos ao meio da temporadaA primeira metade da temporada estava sendo alcançada quando um vírus tenta tomar o controle da Galactica e Boomer auxilia Gaeta para reverter o programa (após isso este modelo da Boomer ganha o nome de guerra de “Athena” e torna-se oficialmente membro da frota), uma repórter interpretada por Lucy Lawless (a Xena) faz um documentário sobre a nave e finalmente no 10º episódio que marcou o “gap” quando foi exibindo no Reino Unido.
O episódio 10 (“Pegasus”) foi exibido em 23/09/2005, tendo sua seqüência (“Ressurection Ship, Part 1”) sido exibida em 06/01/2006, o quê deu cerca de três meses e meio. Nos EUA que exibiu a série meses depois do Reino Unido, não houve o “gap”.
Neste 10º episódio temos o encontro com a “Battlestar Pegasus”, outra nave sobrevivente, dirigida pela Almirante Cain, que imediatamente assume o controle da frota – Adama é apenas Comandante. 
Cain, uma militar ainda mais linha dura do que Adama, capaz de matar civis para pegar peças de reposição para sua Battlestar, revela que mantém um cylon aprisionado – uma Número Seis – que foi estuprada e violentada pela tripulação!
Quando, durante um interrogatório tentam fazer o mesmo com Boomer/Athena. Mas Tyrol e Helo – namorados de unidades diferentes do mesmo modelo – se unem para impedir, resultando na morte do oficial de interrogatório, O “XO” da Pégasus! Eles são levados para a Pegasus e submetidos à Corte Marcial sem julgamento.
Descobrindo o destino final de seus dois homens, Adama que vinha aceitando a hierarquia mesmo após as mudanças impostas por Cain – como levar Apollo e Starbuck para a Pegasus – decide atacar a Pegasus, mesmo diante de um eminente ataque a uma base cylon!
Em Ressurection Ship, Part 1 e 2 (10º e 11º episódios da 2ª temporada) fica determinado que existe uma nave avançada da armada cylon que conteria os corpos de reposição para membros humanos e centuriões. É mais ou menos assim: sem o sistema de reprodução humana, os cylons de modelo humano, quando morrem têm seus dados enviados para a “nave de ressurreição” onde ocupam um novo corpo. Ao longo da série nota-se que alguns modelos fêmeas tem uma libido bem alta, certamente relacionado com seu desejo inconsciente de se reproduzir.
Apesar da tensão, Pegasus e Galactica fazem um pacto e usando informações obtidas por Starbuck com a nave construída por Chefe Tyrol preparam-se para um ataque, não sem antes os dois comandantes planejarem o assassinato do rival, sendo que Adama tem o aval de Roslin!
Mas a conclusão é diferente e igualmente tensa. Pouco antes de Cain ser assassinada a modelo Número 6 a mata. Mas a coisa pode piorar e muito.
Ao encontrar um planeta habitável a frota finalmente se assenta com o novo presidente. Após uma série de episódio Roslin decide convocar eleições e seu adversário é o relapso Gaius Baltar.
Bastante popular naquele momento e auxiliado pelas falcatruas de Roslin e assessoria, que tornaram-se públicas, Baltar é eleito presidente, continuando sua devassidão e ingerência.Mas pelo menos eles eram livres...
Uma frota cylon surge no céu e aprisiona a população. Novamente eles são prisioneiros de cylons!
Assim termina a segunda temporada! Posteriormente a produção uniu os flashes da época da Comandante Cain na Pégasus e lançou um especial, creditado como 4ª temporada, episódio zero, chamado “Razor” (Navalha).