McDuffie, negro, sempre acreditou com o mercado de hq's deveria ter uma representatividade maior e oportunidade igual para os negros. Criou e gerenciou o selo Milestone que agregou autores negros e personagens idem. O selo foi parcamente publicado no Brasil, resumindo-se a uma edição pela editora Magnum e um cross-over com as séries do Superman em especial Superman The Man of Steel na época escrito por Louise Simonson e com arte de Jon Bogdanove. Este evento chama-se Quando os Mundos Colidem!
McDuffie trabalhou com animações de sua própria criação (Ben10 e sua franquia) e com as séries Justice League e Justice League Unlimited, em ambas produzindo um trabalho que chama a atenção para qualidade e caracterização certeira dos personagens. Pelo bom trabalho nas séries da TV foi convocado pela DC Comics para conduzir a série mensal da equipe após a saída de Brad Meltzer. 
Sua histórias sofreram graves interferências editorais e são em geral consideradas um período negro para a equipe. Tendo que trabalhar com personagens secundários e perdendo e ganhando à sua própria revelia membros para a equipe a todo momento, além de ter que lidar com os macro eventos da DC Comics como O planeta dos condenados, Novo Krypton, Descanse em paz e Crise Final, o autor deixou claro seu descontentamento em seu fórum na Internet e foi punido com a demissão da série. Fica a lição que foi sabiamente seguida por J M Straczynski na Marvel quando Joe Quesada – seu amigo, amigo? - alterou diversas tramas do Aranha e o autor calou-se, assinando o roteiro das aventuras como seu.McDuffie produziu ainda uma série chamada “Milestone Forever” que “fundiu” os personagens do sub-universo Milestone com o universo oficial da DC Comics a “Nova Terra”, um desdobramento dos acontecimentos de um arco na série da Liga.
Em 2.010 trabalhou na adaptação da Liga da Justiça: Crise em duas Terras e agora em 2.011 trabalhou na adaptação do roteiro de All-Star Superman, baseado em uma série de Grant Morrison & Frank Quitely.
Pela soma dos bons produtos que deixaram que ele lançasse no mercado e como ser humano engajado em uma causa, McDuffie irá fazer falta no mercado.